Buenos días, Javier.
Según AEAT, tu proveedor debería emitirte una factura por cada pago anticipado, a no ser que sea una operación intracomunitaria (https://sede.agenciatributaria.gob.es/Sede/iva/facturacion-registro/facturacion-iva/obligacion-facturar.html), por lo que no deberías tener ese problema. Pero según el caso que planteas, lo único que se me ocurre para hacerlo más ágil es contabilizar los pagos directamente contra la cuenta del proveedor (que considero tampoco es correcto), para que al registrar la factura, concilies directamente los pagos, sin hacer el asiento de traspaso de los anticipos.
Otra opción sería crear un pedido de compra y utilizar el módulo de OCA "Purchase Advence Payment" (https://github.com/OCA/purchase-workflow/tree/18.0/purchase_advance_payment) para registrar los pagos anticipados, pero no conoces el importe total de comisiones a pagar, así que seguramente tampoco te servirá.
No se me ocurren más ideas.
Un saludo.